È una stazione dotata di doppio binario che, in quanto a standard infrastrutturali, segue l'andamento generale della quasi totalità delle stazioni della linea:
I binari fotografati a novembre2010assenza di sottopasso;
banchine basse rispetto al piano del ferro;
assenza di pensiline.
Recentemente Inverigo è stata provvista di nuovi sistemi di teleindicazione.
Il binario 1 è di deviata, mentre il 2 di corretto tracciato.
All'interno della stazione è presente un banco ACEI, in quasi perenne telecomando dal DCO di Seveso (è possibile intervenire solo in caso di guasti a quest'ultimo).
Movimento
La stazione è servita dai treni della Direttrice 169 di Trenord, in servizio Regionale (R) tra Canzo-Asso e Milano Cadorna, che effettuano tutte le fermate fino Cesano Maderno, poi diretto fino Affori.
I treni, a cadenzamento orario durante tutto l'arco della giornata, e semiorario in alcune fasce dei giorni feriali, fermano approssimativamente al minuto .00, e qui incrociano (come visibile nella foto).
Il tempo di percorrenza è di 48' per Milano Cadorna e di 21'/25' per Canzo-Asso (in base all'orario).
Sono del tutto assenti collegamenti classificati Diretti in ragione delle carenze infrastrutturali della linea.
Incidenti
Il 28 marzo 2019, intorno alle ore 18:40, due convogli TSR di Trenord (le unità EB 711-157 ed EB 711-189) si scontrarono a bassa velocità presso la stazione di Inverigo, a causa di un errore umano del macchinista del 157, che aveva ignorato un segnale di arresto.[2][3] L’incidente non provocò feriti gravi, ma solo alcune decine di passeggeri contusi[4]. I treni incidentati vennero rimossi e portati nei depositi Ferrovienord di Erba e Milano Cadorna, dove furono per qualche tempo sottoposti a sequestro da parte della Polizia ferroviaria. Il personale del treno che aveva violato il semaforo rosso fu incriminato per disastro colposo e lesioni colpose: il capotreno e un allievo macchinista che si trovava a bordo patteggiarono rispettivamente un anno e 3 mesi e 7 mesi di reclusione[5], mentre il macchinista fu rinviato a giudizio con rifiuto della concessione del rito abbreviato[6].